К недостаткам линейно-функциональной структуры управления ОАО «АзРТИ» можно отнести отсутствие тесных взаимосвязей и взаимодействия на горизонтальном уровне между структурными подразделениями, недостаточно четкая ответственность подразделений, так как готовящий решение, как правило, не участвует в его реализации, чрезмерно развитая система взаимодействия по вертикали, а именно подчинение по иерархии управления, т. е. тенденция к чрезмерной централизации, конкуренция и конфликты по ресурсам.